El Instituto de Biología, como depositario de colecciones nacionales de diversas especies vegetales y animales, y también de archivos y libros, se ha dado a la tarea de recuperar y mantener organizados los acervos que custodia, incluyendo los históricos: bibliográfico, iconográfico y documental, heredados de las instituciones antecesoras del Instituto.

Sus Colecciones Especiales son el testimonio de esta institución científica que no surgió de la noche a la mañana, sino que son el resultado del trabajo de muchas generaciones de individuos que contribuyeron a su formación y conservación. La consulta de cada una de ellas implica un acercamiento a un protagonista de corta época o a un tema en estudio. Su contenido es de particular importancia para el estudio de la historia de las ciencias biológicas.

El acervo histórico de la Biblioteca del Instituto de Biología está formado por 3,800 Libros y se originó con las obras que fueron publicadas por autores como: Ulyssis Aldrovandi, Johannes Nieremberg, Francisco Hernández, Josephi Pittón Tournefort, Cayo Plinio Segundo, Charles Plumier, Francisco Javier Clavijero, Nicolao Josepho Jacquin, Carl von Linné, Alexander von Humboldt, Aimé Jacques Alexandre Bonpland, Martín de Sessé, José Mariano Mociño, Cassiano Conzatti, José Ramírez, entre otros, en los siglos XVII hasta principios del XX. En general el acervo es producto de la herencia de las bibliotecas del Instituto Médico Nacional, Museo Nacional de Historia Natural, Comisión Geográfico Exploradora y Dirección de Estudios Biológicos, todas instituciones antecesoras del Instituto.

Las obras de los autores arriba mencionados, existentes en el acervo histórico son considerados de gran importancia para los estudiosos de la historia de la investigación biológica en México y, en general para botánicos, zoólogos e historiadores.

• Ulyssis Aldrovandi. 1603. Ornithologiae. Tomus tertius ac postremus.
• Ulyssis Aldrovandi. 1606. Des reliquis animalibus exanguibus libri quatuor, post mortem eius editi Nempe de molibus, crustaceis, testacies et zoophytes.
• Johannes Nieremberg. 1635. Historia naturae.
• Francisco Hernández. 1649. Rerum medicarum Novae Hispaniae thesaurus sev plantarum animalium mineralium mexicanourum historia. (edición romana)
• Josephi Pittón Tournefort. 1719. Institutiones rei herbariae.
• Cayo Plinio Segundo. 1741. Historiae Naturalis.
• Charles Plumier. 1755. Plantarum Americanarum.
• Francisco Javier Clavijero. 1780. Storia Antica del Messico.
• Nicolao Josepho Jacquin. 1781. Icones Plantarum Rariorum.
• Carl von Linné. 1799. Species Plantarum.
• Alexander von Humboldt y Aimé Jacques Alexandre Bonpland. 1815. Nova Genera Species Plantarum.
• Anselme-Gaëtan Desmarest. 1820. Mammalogie ou description des espèces de mammifères.
• Alexander von Humbolds y Aimé Jaques Alexandre Bonpland. 1820. Nova genera et species plantarum quas in peregrinatione orbis novi colleguerunt, descripserunt, partim adumbraverunt.
• Georges Cuvier y Achille Valenciennes. 1828-1849. Histoire naturelle des poissons.
• Alexander von Humboldt y Aimé Jacques Alexandre Bonpland. 1829. Révision des graminées publiées dans les Nova Genera et Species Plantarum.
• John Lindley. 1838. Sertum orchidaceum.
• Audinet Serville. 1839. Histoire naturelle des insects. Orthoptéres.
• La Naturaleza. Periódico Científico de la Sociedad Mexicana de Historia Natural. 1869-1914.
• Frederick Ducane Godman y Osbert Salvin. 1879-1915. Biologia centrali-americana.
• Martín de Sessé y José Mariano Mociño. 1887.Flora Mexicana.
• Cassiano Conzatti y Lucio C. Smith. 1895. Flora Sinóptica Mexicana.

Otro elemento importante de la biblioteca es la Colección Iconográfica con más de 4100 láminas de plantas y animales, realizadas por ilustradores destacados de los siglos XIX y XX. Sobresalen varias acuarelas, litografías y otras ilustraciones hechas a lápiz o tinta, elaboradas por Adolfo Tenorio y Adrián Unzueta, ambos discípulos de José María Velasco, y algunas litografías acuareladas del propio Velasco. Existen también copias de las calcas de los dibujos, entonces depositados en el Conservatoire et Jardín Botaniques de la Ville de Genève, Suiza, que Atanasio Echeverría y Juan de Dios de la Cerda hicieron para la Flora Mexicana de De Sessé y Mociño. En la actualidad estos elementos iconográficos del siglo XIX están siendo integrados con las obras de ilustradores contemporáneos.

El Acervo Histórico también cuenta con una colección de documentos y expedientes que pertenecieron al Instituto Médico Nacional, al Museo del Chopo, a la Dirección de Estudios Biológicos y al propio Instituto de Biología, particularmente de las primeras décadas de su existencia.