La Colección Nacional de Peces del Instituto de Biología, tiene sus antecedentes en la Colección de Peces del Museo Nacional, de la cual se conservan 62 lotes con ejemplares catalogados por Alfonso L. Herrera. El objetivo primordial de la CNP es mantener actualizado el inventario de los recursos ictiofaunísticos del país, enfocándose en estudios de indole sistemático, ecológico, biogeográfico y pesquero. Conjuntamente con el inventario, otros objetivos son el proponer proyectos y programas de conservación, recuperación y protección de especies amenazadas, protegidas o en peligro de extinción. En México se conocen aproximadamente 2,150 especies en 779 géneros, 206 familias y 41órdenes.

Aproximadamente 506 especies de éstas son dulceacuícolas, 1,500 marinas y el resto son especies que durante su ciclo de vida pueden estar tanto en ambientes marinos como de agua dulce. En la CNP están depositados 9,000 lotes catalogados conteniendo más de 200,000 ejemplares, que representan 800 especies marinas, 150 estuarinas y 350 dulceacuícolas. Las familias de peces mejor representadas son: Serranidae, Sciaenidae, Bothidae, Gerreidae, Poecilidae, Haemulidae, Cichlidae, Carangidae y Gobidae. Las áreas del país mejor representadas son: el Golfo de California, Golfo de México, Península de Yucatán y Sierra Madre del Sur; los estados mejor representados son: Jalisco, Veracruz, Nayarit, Chiapas, Yucatán, Quintana Roo, Campeche, Morelos, Michoacán y Oaxaca. La CNP la conforman la colección principal constituida por organismos preservados en alcohol etílico al 70% y las colecciones de escamas (150 especies), esqueletos (150 especies), ejemplares transparentados y teñidos (100 especies), ejemplares congelados y radiografías. Se cuenta con una base de datos de la coleccion principal con 2,000 registros, de especies de 647 localidades; ademas de una base de datos bibliográfica con mas de 3,000 registros.

Además de una Colección de 60 ejemplares tipo.