REGLAMENTO DEL ÁULA DE CÓMPUTO
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Ofrecer a los docentes un lugar para impartir clases o desarrollar prácticas de cualquier asignatura incluida en el Programa de Posgrado que requieran de este equipo.
- Apoyar a las actividades académicas de tutores y estudiantes del Posgrado mediante el equipo de cómputo.
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El Salón de Cómputo depende directamente del Coordinador del Posgrado en Ciencias Biológicas del Instituto de Biología. La Oficina del Coordinador se encargará de las reservaciones, mantenimiento del equipo, instalación de programas previamente solicitados, así como de problemas surgidos por el incumplimiento del reglamento.
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El Salón de Cómputo cuenta con:
1. Computadoras (10 PC y 2 Mac Power), y mobiliario para 12 usuarios.
2. En la oficina de Posgrado se encuentran instalados una computadora, una impresora láser en color, un escáner y un reproductor de diapositivas. Dicho equipo deberá ser utilizado en la misma oficina.
3. Asimismo se cuenta con un plotter, el cual está ubicado en la Unidad de Cómputo del Instituto de Biología.
Son
los tutores y estudiantes que participan en el Programa de Posgrado en
Ciencias Biológicas de la UNAM.
1. El personal académico que realice actividades
docentes y requiera del uso del Salón de Cómputo, deberá
impartir una asignatura del programa de Posgrado. El profesor titular
deberá entregar su solicitud en la Oficina de Posgrado en cuanto
sea dada de alta su materia, con el fin de programar los horarios. Además
tendrá que facilitar una relación de los alumnos inscritos
2. Los profesores que requieran hacer uso del salón
de manera eventual deberán notificarlo con cinco días hábiles
de anticipación.
3. Para los estudiantes, éstos deben estar inscritos
al programa de Posgrado. En este caso el usuario deberá hacer su
reservación en la misma oficina. Podrá disponer del equipo
hasta por dos horas continuas, pudiendo refrendarlo si no hay demanda
por parte de otros usuarios.
4. Los usuarios que tengan reservación y por algún
motivo no hagan uso del Salón de Cómputo deberán
notificarlo con anticipación
1. Para disponer del equipo de cómputo el usuario externo deberá hacer su solicitud presentando su credencial del IBUNAM.
2. Debido a que el centro de cómputo fue creado para apoyar las actividades del Posgrado en Ciencias Biológicas, tendrán prioridad, para el uso del equipo, los usuarios internos sobre los externos, por lo que el préstamo de servicio dependerá de la disponibilidad de equipo.
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Para disponer del plotter y la impresora láser a color se requerirá hacer la solicitud con anticipación.
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Este servicio tendrá un costo por número de impresiones. El pago se realizará en la Secretaría Administrativa. La cuota de impresión será destinada para la recuperación de los costos de consumibles (hojas y cartuchos de tinta).
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Los impresos son responsabilidad del usuario, por lo que toda hoja, tenga errores o no, será con cargo al usuario
2. Responsabilizarse del uso adecuado del equipo que le sea asignado, respetando el horario que se establezca para desocuparlo.
3. Es responsabilidad del profesor el comportamiento del grupo durante su clase en el Salón de Cómputo.
4. Con el fin de llevar un control, cada equipo contará con una bitácora, en la cual el usuario se registrará obligatoriamente antes de iniciar su sesión de trabajo.
5. Revisar que los discos que utilicen estén libres de virus.
6. Contribuir a preservar los inmuebles y mobiliario del Salón de Cómputo, sujetándose a los mecanismos de control, seguridad y vigilancia que se establezcan.
7. Guardar respeto y consideración a los demás usuarios y al personal del Salón.
8. Respetar el Sistema de Pago por uso del plotter y la impresora láser.
9. Utilizar únicamente el equipo asignado y en caso de mal funcionamiento del mismo, reportarlo al encargado.
10. Al término del tiempo de uso dejar encendido el equipo y notificarlo al encargado.
1. Utilizar las instalaciones con propósitos diferentes
a los de tipo académico.
2. Comportarse indebidamente en las instalaciones.
3. Consumir bebidas, alimentos y cigarros.
4. Faltar al respeto a usuarios y personal del Salón
de Cómputo.
5. Entrar con animales.
6. Sustraer material o equipo del Salón de Cómputo.
7. Alterar los programas y archivos de los discos duros
o modificar la configuración de los sistemas.
8. No se podrá usar un software que no se encuentre
instalado. En caso de requerir uno no especificado en el Salón
de Cómputo, solicitar por escrito su instalación a la Secretaría
Técnica, siendo obligación del usuario el facilitar el software
original si el Departamento de Posgrado no cuenta con él.
DEL POSGRADO EN CIENCIAS BIOLOGICAS
No habrá servicio del Secuenciador automático
- Si la muestras están ya preparadas, entregarlas antes o el día 6 de diciembre
- Si la muestras están sin preparar, entregarlas antes del día 30 de noviembre
SERVICIO DE SECUENCIAS DEL POSGRADO EN CIENCIAS BIOLOGICAS
El Posgrado en Ciencias Biológicas de la UNAM puso en servicio, a partir del mes de octubre del año 2000 un secuenciador automático de DNA, ABI Prism 310 y a partir de enero de 2005 un secuenciador 3100, éste último fue adquirido junto con el Instituto de Biología. Estos secuenciadores está dando servicio a los investigadores, tutores y estudiantes del posgrado, así como a solicitantes externos.
Los secuenciadores se encuentran en el Instituto de Biología, junto al Jardín Botánico, en el Laboratorio de Biología Molecular de Ciudad Universitaria, UNAM, México, D.F. La persona encargada de su manejo es la M. en C. Laura Márquez Valdelamar.
Ambos secuenciador analizan DNA marcado con fluorescencia por medio de una electroforesis capilar. Están conectados a una computadora con el software necesario para interpretar los resultados, y presentarlos como una secuencia escrita y como electroferograma. De cada muestra puede obtenerse una secuencia e 600 a 700 bases. Puede analizar cadenas sencillas, dobles o productos de PCR.
PREPARACIÓN DE LAS MUESTRAS
Será responsabilidad del usuario extraer, amplificar, purificar y cuantificar el DNA que desee secuenciar. Pueden solicitarse las técnicas y/o asesoría en el mismo laboratorio
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QIAquick PCR purification kits (de QIAGEN)
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Centricon 100 (Applied Biosystems)
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Amicon Microcon-PCR (Millipore)
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Wizard PCR Preps (Promega)
- QIAGEN Plasmid kits
- ABI PRISM Plasmid MiniPrep kit
- Cesium Chloride Banding
- QIAPrep
- Precipitación con PEG seguida de una extracción con fenol
La calidad del DNA (templado) es uno de los puntos más críticos de la secuenciación automática. El templado debe estar en la concentración correcta, libre de contaminantes y disuelto en agua bidestilada estéril (libre de EDTA) y no debe estar degradado, tambièn puede disolverse en agua inyectable libre de pirógenos.
La cuantificación del templado es el segundo paso crítico en la obtención de un buen producto. Se recomienda siempre verificar en un gel de agarosa la presencia de una sola banda antes y después de purificar el producto. Si cuenta con suficiente templado (más de 5ng en 20 µl) puede determinar su concentración por absorbancia UV a 260nm o usando un fluorómetro. Si no cuenta con suficiente ADN para cuantificar por estos medios corra una pequeña alícuota en gel y estime la cantidad de ADN por comparación con estándares de tamaño similar y concentración conocida.
Si no le es posible determinar la concentración de forma confiable es preferible repetir la preparación hasta que obtenga una cantidad de ADN suficiente para cuantificarla adecuadamente
El DNA debe entregarse en agua estéril bidestilada en la siguiente concentración:
- de 100-1000pb, entregar 100 ng (en concentración de 20-100 ng/µl)
- de 1000-2000pb, entregar 200 ng (en concentración de 50 - 100 ng/µl)
- de cadena sencilla 400 ng (entregar en concentración de 100-200 ng/µl)
- de cadena doble 800 ng (entregar en concentración de 100-200 ng/µl)
Favor de rotular los tubos claramente para evitar confusiones y simplificar el rótulo lo más posible. El tubo del primer también debe estar rotulado con claridad. Usar un plumón indeleble. Esto es indispensable para el correcto procesamiento de sus muestras.
PRIMERS
Los primers se deben entregar a una concentración de 10 picomol/µl entregar 3 microlitros por cada muestra solicitada.
El servicio provee los siguientes primers sin cargo adicional:
- M13 Forward
- M13 Reverse
Los resultados se entregarán en un tiempo promedio de 10 días hábiles si la reacción se prepara en el laboratorio y en caso de que entreguen la muestra ya lista para correr en el secuenciador el resultado se entregará en 5 días hábiles, lo cual puede variar de acuerdo a la demanda. El resultado se envía por correo electrónico o se puede grabar en diskette zip para Mac en el caso del secuenciador 310, o en un CD para el secuenciador 3100, el cual deberá proporcionar el usuario. Los electroferogramas se entregarán impresos en caso de ser necesario
El electroferograma puede visualizarse con el programa Chromas
(http://www. technelysium.com.au/chromas.html)
en caso de computadora PC y para computadora Mac el programa Edit View
(http://www.appliedbiosystems.com/ga/editview/editview.htm), con cualquiera de estos también pueden editarse los resultados. Estos programas se pueden bajar gratis de la red.
También pueden visualizarse los electroferogramas en el programa Sequencher el cual debe comprarse, ya que no está disponible gratis.
*15 USdlls
*3 USdlls si ya tiene el Big dye y está purificado
*25 USdlls
Para solicitar el servicio debe dirigirse con la técnica Laura Márquez (56 22 90 73) (lmarquez@ibiologia.unam.mx), Laboratorio de Biología Molecular, Instituto de Biología, para que les informe sobre la demanda del servicio, programe sus secuencias y les indique la cantidad que deben pagar. Deberán entregar las muestras junto con el formato de solicitud debidamente llenado.
Las secuencias pueden pagarse en efectivo en la caja del Instituto de Biología, o con cheque en la cuenta 0446634494 de Bancomer a nombre de la Universidad Nacional Autónoma de México (deberán enviar por fax el recibo de depósito al 56 16 44 66). Las secuencias también pueden pagarse con consumibles.
- LAS SECUENCIAS SE COBRAN INDEPENDIENTEMENTE DEL RESULTADO.
- EL ÉXITO DE CUALQUIER REACCIÓN DE SECUENCIA ES DIRECTAMENTE PROPORCIONAL A LA CALIDAD DEL ADN PROPORCIONADO.
- ES RESPONSABILIDAD DEL USUARIO REVISAR EL ELECTROFEROGRAMA PARA VERIFICAR LA SECUENCIA.
- LOS USUARIOS DEBEN MENCIONAR EN LOS AGRADECIMIENTOS DE LAS PUBLICACIONES LA ASISTENCIA PROPORCIONADA POR LA TÉCNICA RESPONSABLE DEL SECUENCIADOR.
REGLAMENTO
- Las solicitudes para la asignación de un espacio en el Área de Estudiantes se abrirán cada semestre; serán presentadas por los tutores interesados y evaluadas por un comité integrado por el Secretario Técnico y la Responsable del Posgrado del IBUNAM. Las solicitudes deberán contar con el visto bueno del Jefe de la Unidad Académica correspondiente.
- El tutor principal debe ser un Investigador del Instituto de Biología y los alumnos deberán estar inscritos en el Posgrado en Ciencias (Biología). Se dará preferencia a los becarios activos del CONACyT o de la DGAPA; los alumnos de Doctorado tendrán preferencia sobre los de Maestría.
- Cada tutor podrá gozar de la asignación de un espacio para un estudiante; sólo en casos excepcionales se le asignarán dos. Sin embargo, esto está sujeto a disponibilidad de espacios.
- Los alumnos de Maestría tendrán derecho a usar el espacio asignado por un máximo de 2 años y los de Doctorado por 4 años. El alumno deberá presentar solicitud de renovación de su espacio semestralmente, acreditando el apoyo de su tutor y el buen desempeño académico.
- Dado que el Área de Estudiantes es un espacio común para 16 personas, NO se permitirá llevar aparatos de música; se prohibe fumar, recibir visitas y se recomienda guardar silencio.
- El Comité de Evaluación preparará un calendario semestral, en el que se designará a dos alumnos, quienes, por periodos de dos meses, se harán cargo de la coordinación y de la supervisión de funciones del Área. Estos alumnos serán el enlace con el Secretario Técnico o la Responsable de Estudios de Posgrado en lo tocante a las necesidades del Cubículo. Así también, se encargarán de la supervisión del orden y buen uso del Área.