Fundada en 1979, la CNAR representa el mayor acervo de ejemplares herpetológicos de la República Mexicana. Cuenta con 27027 especímenes catalogados de anfibios y reptiles de 619 especies mexicanas y 135 extranjeras, no representadas en México. Estas últimas proceden principalmente de Estados Unidos, Cuba, Colombia, Panamá, Uruguay, Brasil, España, Japón y varios países de África.

La CNAR es la colección que posee la mejor representatividad de anfibios y reptiles en México, tanto en diversidad de especies como en el número de organismos catalogados. Las 619 especies mexicanas que alberga (158 géneros, 51 familias y 6 órdenes) representan el 64.8% de la diversidad nacional citada por Flores-Villela (1993).

En este acervo están representadas 13 de las familias de anfibios que existen en México, así como 30 de las familias de reptiles. Por su diversidad y número de organismos las familias mejor representadas son: Ambystomatidae, Bufonidae, Leptodactylidae, Ranidae e Hylidae, entre los anfibios, y las familias Iguanidae, Polychrotidae, Phrynososmatidae, Colulubridae y Kinosternidae, entre los reptiles.

La CNAR cuenta con especímenes representativos de toda la República Mexicana. Los estados mejor representados son el Estado de México, Distrito Federal, Morelos, Jalisco, Michoacán, Guerrero, Oaxaca y Veracruz. Sin embargo, el número de ejemplares de los demás estados es también considerable. La Colección de tipos alberga 64 especímenes, holotipos, paratipos, lectotipos y topotipos, de 38 especies, 7 de anfibios y 31 de reptiles, de toda la República. La mayor parte de los ejemplares están preservados en alcohol etílico al 70%, aunque existen algunas pieles y esqueletos secos.