La CNMA fue fundada en 1947; tiene reconocimiento internacional por sus estándares de curación y es una de las colecciones mastozoológicas más prestigiadas de Latinoamérica. En tres ocasiones ha recibido el certificado de acreditación por parte de la American Society of Mammalogists, que forma parte de la Association of Systematic Collections, estímulo que se otorga al acervo de mamíferos de cualquier parte del mundo que reúna el nivel internacional de estándares de calidad de trabajo o curación establecidos por ese organismo.

La CNMA cuenta aproximadamente con 41000 ejemplares catalogados de todo México, y también incluye materiales del resto del continente americano y de algunos países europeos. Los ejemplares se conservan como pieles, cráneos, esqueletos completos, pieles curtidas y ejemplares preservados en alcohol; además se dispone de colecciones periféricas, como la de tejidos congelados. Esta última cuenta con 3000 muestras de hígado, riñón y corazón que representan casi 1000 individuos de 40 especies, muchas de ellas endémicas, en peligro de extinción o amenazadas.

Entre los grupos taxonómicos mejor representados están los murciélagos (Chiroptera) y los roedores (Rodentia). Las áreas geográficas con mayor cobertura son las zonas subtropicales y tropicales del sur y sureste del país.

La Colección de tipos incluye 26 ejemplares de 15 especies, entre holotipos, lectotipos, neotipos y paratipos de roedores, murciélagos y carnívoros.

Recientemente, la infraestructa de la Colección Nacional de Mamíferos fue equipada con compactadores, lo cual permitió un ahorro considerable de espacio que garantiza el futuro crecimiento del acervo.