| LABORATORIO DE SECUENCIACIÓN GENÓMICA DE LA BIODIVERSIDAD Y DE LA SALUD |
| M. en C. Laura Márquez |
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| Este laboratorio cuenta con un secuenciador 3500xl (de 24 capilares) y un secuenciador Ion Torrent ambos de Life Technology. |
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| Procedimiento de entrega de muestras |
- Se proporciona el servicio de secuencias y tipificación de fragmentos con el secuenciador de capilares y el servicio de secuenciación masiva con el equipo Ion Torrent.
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| Secuencias |
- Las muestras se reciben ya amplificadas y de preferencia purificadas y también se reciben muestras listas para su corrimiento en el equipo (con la reacción de secuencia y purificadas)
- Será responsabilidad del usuario extraer, amplificar, purificar y cuantificar el ADN que desee secuenciar. Pueden solicitar asesoría en el laboratorio, en caso de ser necesario.
- Para la purificación de productos amplificados se recomienda el uso de Exo
Sap (USB), kits de purificación de Qiagen, Amicon, Bio Basic o Promega.
- Para la purificación de plásmidos se pueden utilizar los kits de Qiagen o precipitación con PEG.
- La calidad del ADN es uno de los puntos más críticos de la secuenciación automática. El templado debe estar en la concentración correcta, libre de contaminantes y disuelto en agua bidestilada estéril o con agua inyectable libre de pirógenos, y no debe estar degradado.El éxito de cualquier reacción de secuencia es directamente proporcional a la calidad del ADN proporcionado.
- Los productos amplificados se deben entregar en la siguiente concentración, para una corrida:
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| Productos de PCR |
- De 100 a 1000pb entregar 100 ng (en concentración de 20 a 100 ng/µl)
- De 1000 a 2000 pb entregar 200 ng (en concentración de 50 a 100 ng/µl)
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| Plásmidos. |
- De cadena sencilla 400 ng (en concentración de 100 a 200 ng/µl)
- De cadena doble 800 ng (en concentración de 100 a 200 ng/µl)
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- Los oligonucleótidos se entregan en una concentración de 10 picomol/µl se requieren dos microlitros para cada muestra a secuenciar. Se proveen los siguientes oligos sin cargo extra: M13F, M13R, SP6 y T7.
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| Tipificación de fragmentos |
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- Se reciben las placas con las muestras ya preparadas (con el marcador y la muestra) o solo las muestras para ser preparada la placa en el laboratorio. Se debe especificar el fluoróforo con el que está marcada la o las muestras y la escalera a utilizar (ROX350, ROX500, LIZ500 o LIZ600).
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| Secuenciación masiva |
- En el caso de la secuenciación masiva se requiere que la muestra o muestras a procesar se entreguen ya purificadas, libres de contaminantes, no degradadas y de buena calidad en una cantidad promedio de un microgramo.
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| Entrega de Resultados |
- Los resultados de secuencias y tipificación de fragmentos se entregarán en un tiempo promedio de 10 días hábiles si la reacción se prepara en el laboratorio y en el caso de que se entreguen las muestras ya listas para su corrimiento en el equipo se entregará en 5 días hábiles, lo cual puede variar de acuerdo a la demanda El resultado se envía por correo electrónico.
- El electroferograma de las secuencias puede visualizarse con el programa Chromas o con Sequence Scanner, ambos se pueden bajar gratis en la red. En el laboratorio hay una computadora con el programa Sequence Analysis v5.1.1 disponible para quien requiera utilizarla.
- Es responsabilidad del usuario revisar el electroferograma para verificar la secuencia.
- Los fragmentos se pueden visualizar con Genemarker. En el laboratorio hay una computadora disponible con el programa Genemapper v4.1.
- En el caso de la secuenciación masiva los resultados se entregarán de 2 a 3 semanas, se entregará un reporte con el número total de bases, número total de lecturas, el tamaño de longitud promedio de las lecturas y los archivos de la corrida en formato fastq y sff.
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| COSTOS |
| El servicio puede ser solicitado por alumnos e investigadores del Instituto de Biología, de Biomédicas, de Ecología o de cualquier entidad de la UNAM, así como, de cualquier institución externa o empresas que así lo requieran. El costo del servicio es variable dependiendo de lo solicitado y la procedencia del usuario, de acuerdo a la tabla siguiente: |
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| Secuencias |
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Muestras sin preparar |
Muestras preparadas |
Institutos de Biología,
Investigaciones Biomédicas y Ecología |
$50.00 (48 o mas)
$100.00 (47 o menos) |
$30.00 (48 ó mas)
$50.00 (47 ó menos) |
UNAM |
$200.00 |
$60.00 |
Instituciones Académicas |
$250.00 (incluyendo IVA) |
$70.00 (incluyendo IVA) |
Empresas |
$300.00 (incluyendo IVA) |
$100.00 (incluyendo IVA) |
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| Tipificación de Fragmentos (costo por muestra-pozo) |
Institutos de Biología,
Investigaciones Biomédicas y Ecología |
$50.00 |
UNAM |
$70.00 |
Instituciones Académicas |
$75.00 (incluyendo IVA) |
Empresas |
$100.00 (incluyendo IVA) |
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Secuenciación masiva
(de cualquier entidad de la UNAM o externa) |
| Chip |
Costo |
314 |
$35,000.00 |
316 |
$40,000.00 |
318 |
$45,000.00 |
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| Las muestras con las especificaciones anteriores y el formato de solicitud se deben entregar en el Laboratorio en un horario de 9:00 a 17:00 horas de lunes a viernes. |
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| FORMA DE PAGO |
| Para poder realizar el pago es necesario solicitar la cotización a las encargadas del laboratorio, si el usuario es de la UNAM se requiere que indique si el pago será con recursos de DGAPA, CONACYT, ingresos extraordinarios o recursos presupuestales. A los usuarios externos se les enviará su cotización y posteriormente su formato de pago con el cual deberán depositar la cantidad indicada. Una vez realizado el depósito favor de enviar por correo electrónico a la encargada de laboratorio a la que le solicito su cotización con copia al Lic. Mario Curiel: mcuriel@biomedicas.unam.mx |
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El servicio se cobra independientemente del resultado.
Los usuarios deben mencionar en los agradecimientos de las publicaciones la asistencia proporcionada por la técnica responsable del secuenciador. |
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