 FORMATO
DE SOLICITUD |
SECUENCIADOR
AUTOMATICO DEL POSGRADO EN CIENCIAS BIOLOGICAS
El
Posgrado en Ciencias Biológicas de la UNAM puso en servicio, a partir
del mes de octubre del año 2000 su secuenciador automático
de DNA, ABI Prism 310. Este secuenciador está dando servicio a los
investigadores, tutores y estudiantes delposgrado,
así como a solicitantes externos.
El
secuenciador se encuentra en las nuevas instalaciones del Instituto de
Biología, junto al Jardín Botánico, en el Laboratorio
de Biología Molecular de Ciudad Universitaria, UNAM, México,
D.F. La persona encargada de su manejo es la M. en C. Laura Márquez
Valdelamar.
Este
secuenciador automático analiza DNA marcado con fluorescencia por
medio de una electroforesis capilar. Está conectado a una computadora
Mac G3, la cual tiene el software necesario para interpretar los resultados,
y los presenta como una secuencia escrita y como electroferograma. El tiempo
de corrida de cada muestra es de tres horas. De cada muestra puede obtenerse
una secuencia de 600 a 700 bases. Puede analizar cadenas sencillas, dobles
o productos de PCR.
Será
responsabilidad del usuario extraer, amplificar, purificar y cuantificar
el DNA que desee secuenciar. Pueden solicitarse las técnicas y/o
asesoría en el mismo laboratorio.
Para
purificar los productos de PCR se recomienda el uso de:
QIAquick
PCR purification kits (de QIAGEN)
Centricon
100 (Applied Biosystems)
En
general cualquier método que remueva dNTP's y oligonucleótidos
debe funcionar.
Para
purificar plásmidos se recomienda:
QIAGEN
Plasmid kits
ABI
PRISM Plasmid MiniPrep kit
Cesium
Chloride Banding
QIAPrep
Precipitación
con PEG seguida de una extracción con fenol
EL
DNA AMPLIFICADO Y PURIFICADO DEBE ENTREGARSE CUANTIFICADO. Esto puede hacerse
con un fluorómetro o espectrofotómetro. NO SE ACEPTARAN MUESTRAS
NO CUANTIFICADAS.
El
DNA debe entregarse en agua estéril destilada y desionizada en la
siguiente concentración:
Productos
de PCR
de
100-1000pb, entregar 100 ng (en concentración de 20-100ng/ml)
de
1000-2000pb, entregar 200 ng (en concentración de 50 - 100 ng/ml)
Plásmidos
de
cadena sencilla 400 ng (entregar en concentración de 100-200 ng/ml)
de
cadena doble 800 ng (entregar en concentración de 100-200 ng/ml)
Las
cantidades de los productos anteriores son para una corrida, se recomienda
entregar el doble para prever imprevistos.
Los
oligonucleótidos entregar 6ml, mínimo, a una concentración
de 4pmol/ml
COMO
Y CUANDO SE ENTREGAN LOS RESULTADOS
Los
resultados se entregarán en un tiempo promedio de 4 días
hábiles, lo cual puede variar de acuerdo a la demanda. Se puede
enviar el resultado por correo electrónico (la secuencia escrita,
la cual puede leerse directamente en Word de PC o en Mac), o se puede grabar
en diskette zip o disco de 3.5" el cual deberá proporcionar el usuario. El electroferograma
se entregará impreso.
En
el caso de contar con el programa Chromas (http://www.technelysium.com.au/chromas.html)
se puede enviar tanto el texto como el electroferograma e incluso pueden
editarse los resultados. Este programa es para computadora PC.
Para computadora
Mac el programa Sequence Navigator o Edit View http://www.appliedbiosystems.com/support/software/
seleccionar en Software Utilities el programa Edit View 1.0.1, ambos programas son de Applied Biosystems, con cualquiera de estos también
pueden editarse los resultados y ver los electroferogramas.
Posgrado de Ciencias
Biológicas
15 USdlls*
3 USdlls*
ya preparado con big dye y purificado
Externos
25 USdlls*
*o
en moneda nacional el equivalente de la cantidad indicada en pesos mexicanos
a la fecha de solicitud.
Para
solicitar el servicio debe dirigirse con la técnica Laura Márquez,
teléfono 56229073, Laboratorio de Biología Molecular, Instituto
de Biología (junto al Jardín Botánico Exterior), (lmarquez@ibiologia.unam.mx),
para que les informe sobre la demanda del servicio, programe sus secuencias
y les indique la cantidad que deben pagar. A los alumnos del Posgrado de
Ciencias Biológicas la solicitud la debe de firmar su tutor. Ya
que tenga el formato lleno debe pasar con Lucy Mendoza, Secretaria del
Secretario Técnico del Instituto de Biología, Dr. Guillermo
Salgado, en las nuevas instalaciones del Instituto de Biología, Edificio C, primer piso,
donde solicitarán
la firma del Secretario Técnico, quien les indicará como
pagar el servicio.
Las
muestras junto con el formato autorizado y pagado deberá entregarse
a Laura Márquez, en el Laboratorio de Biología Molecular,
quien les indicará que día deben de pasar por sus resultados.
El usuario deberá firmar de recibido cuando pase por sus resultados.
Es responsabilidad del usuario revisar el electroferograma para verificar
la secuencia.
LAS SECUENCIAS SE
COBRAN INDEPENDIENTEMENTE DEL RESULTADO. EL ÉXITO DE CUALQUIER REACCIÓN
DE SECUENCIA ES DIRECTAMENTE PROPORCIONAL A LA CALIDAD DEL ADN PROPORCIONADO.
LOS USUARIOS DEBEN
MENCIONAR EN LOS AGRADECIMIENTOS DE LAS PUBLICACIONES LA ASISTENCIA PROPORCIONADA
POR LA TÉCNICA RESPONSABLE DEL SECUENCIADOR.
REGLAMENTO
PARA EL USO DEL SECUENCIADOR AUTOMATICO
Lo
puede consultar en la página web del Posgrado en Ciencias Biológicasdel
Instituto de Biología (http://www.ibiologia.unam.mx/posgrado/pagweb-posgrado/secuenciador/reglmsec.htm)