La tarea fundamental del Instituto de Biología es catalogar la diversidad de especies de flora y fauna del territorio nacional, entender sus relaciones evolutivas, caracterizar sus distribuciones pasadas y presentes y reconocer los mecanismos responsables de estas, para dilucidar en ultima instancia los procesos que son responsables de la diversidad biológica. El Instituto de Biología tiene el privilegio, y también la enorme responsabilidad, de mantener y desarrollar las Colecciones Nacionales de Flora y Fauna, las cuales están a cargo de un cuerpo de investigadores y técnicos que dedican sus esfuerzos a estudiarlas.

En México,el nivel de conocimientos sobre la flora y fauna es aun limitado. Una pequeñisima fracción de los taxa vegetales y animales ha sido monografiada. Por otra parte, aunque se ha avanzado mucho en el inventario de varias regiones, así como en el de algunos grupos de plantas y animales, se está lejos aun de obtener un catalogo que refleje la diversidad biótica mexicana. En este sentido, el Instituto de Biología, poseedor de las mas importantes colecciones biológicas del país y de un importante cuerpo de especialistas, tiene una enorme responsabilidad. Es deseable y altamente justificado que el Instituto conserve y fortifique la sistemática clásica como su línea central. Es preciso además, y no en lugar de, que se adopten con mayor vigor enfoques analíticos que contribuyan a entender el origen, las interrelaciones y la evolución de la biodiversidad de nuestro país.

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